Tout le matériel chirurgical utilisé à la clinique (bistouris, pinces, clamps, champs opératoires …) est stérilisé par autoclave. Un protocole de préparation rigoureux du chirurgien et de son assistant est mis en place avec triple désinfection des mains, port de masque, de calots, de gants et de blouses stériles.
Comme chez l’homme, les antibiotiques chez les animaux ne sont pas automatiques. La mise en place de protocoles de désinfections rigoureux permet de réduire significativement la consommation d’antibiotiques après une intervention chirurgicale, ce qui représente à la fois un gain économique pour le propriétaire de l’animal et permet de réduire le risque d’apparition de résistance aux antibactériens chez l’animal. Malgré tout, en fonction du temps et du type d’opération, une couverture antibiotique peut être prescrite par le chirurgien si un risque d’infection post-opératoire est identifié.